根据《协议书》和《备忘录》的有关条款约定，材料所设理事会，实行理事会领导下的所长负责制。
    2004年5月份，经过院、省、市领导和有关部门的充分磋商，确定了材料所理事会成员名单：
    理 事 长：施尔畏
    副理事长：俞仲达、余红艺、华仁长
    理 事：赵 勤、蒋泰维、邱飞章、王永康、郭华巍（宁波市镇海区人民政府区长）
    在推选理事会成员的同时，院、省、市三方有关部门经过充分沟通和反复讨论，起草了材料所的“根本大法”——《中国科学院宁波材料技术与工程研究所章程》（以下简称《章程》）。
    5月29日上午理事会正式成立，并召开了材料所第一届理事会第一次全体会议。会议审议并一致通过了修改后的《章程》。